Vanaf januari 1980 is Warner Fokkens organist geweest van de Hervormde Sjalomkerk in Den Haag. In november 1986 werd hij organist van de Hervormde Pauluskerk in de Vogelwijk, als opvolger van Juul Ouwehand. In oktober 2002 werden de deuren van de Pauluskerk definitief gesloten. Sindsdien is Warner Fokkens organist van de Bergkerk.

Het in 1965 gebouwde orgel in de toenmalige Opstandingskerk, van de fa. Verschueren uit Heythuysen, bleek in een dusdanige conditie, dat dit instrument niet meer aan de eisen voldeed. In 2003 besloot de kerkenraad tot de bouw van een nieuw pijporgel. De opdracht werd gegeven aan de orgelbouwer Henk Klop uit Garderen. Als coördinator van de orgelcommissie is Warner zeer nauw betrokken geweest bij de totstandkoming en intonatie van het nieuwe orgel in maart 2004.

In oktober 2007 is Warner gestart met een serie koffie- en matinee concerten om het Klop orgel in de Bergkerk te promoten.